Rumah Sakit Umum Daerah Prof. Dr. H. Aloei Saboe Kota Gorontalo pertama kali dibangun pada tahun 1926 dan dimanfaatkan sejak tahun 1929 dengan nama Rumah Sakit Umum Kotamadya Gorontalo.   Awalnya   berupa 

satu gedung yang terdiri dari beberapa ruangan, antara lain apotik, poliklinik, rawat darurat dan rawat inap.

Sejak akhir PELITA I (1978) dilaksanakan pembangunan rumah sakit, baik fisik maupun non fisik. Pada tahun  1979,  Rumah Sakit Umum Kotamadya Gorontalo ditetapkan sebagai Rumah Sakit Kelas C yang memenuhi persyaratan 4 (empat) Spesialis Dasar melalui Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor 51/Menkes/SK/II/79. 

         Selanjutnya pada tanggal 17 September tahun 1987 Rumah Sakit Umum Kotamadya Gorontalo berubah nama menjadi Rumah Sakit Umum Prof. Dr. H. Aloei Saboe Gorontalo berdasarkan Surat Keputusan Walikotamadya Gorontalo Nomor 97 Tahun 1987. Nama tersebut diambil dari nama salah seorang perintis kemerdekaan Putera Gorontalo yang banyak berjasa dalam bidang Kesehatan. 

Rumah Sakit Umum Prof. Dr. H. Aloei Saboe Gorontalo terus melakukan pengembangan termasuk dalam jenis pelayanan antara lain pada tahun 1991-1992 jenis pelayanan spesialis mata dan pada tahun 1995 jenis pelayanan Spesialis Telinga Hidung dan Tenggorokan (THT). Kemudian pada tanggal 31 Agustus 1995 Pemerintah Daerah Tingkat II Kotamadya Gorontalo mengusulkan kenaikan kelas Rumah Sakit Umum Prof. Dr. H. Aloei Saboe dari kelas C ke kelas B Non Pendidikan. 

Pada tanggal 19 Maret Tahun 2001 dilaksanakan peletakan Batu Pertama pembangunan Gedung Baru Rumah Sakit Umum Prof. Dr. H. Aloei Saboe dan tanggal 19 Maret 2005 dimanfaatkannya Gedung  Baru  Rumah  Sakit  Umum   Prof.  Dr.  H.  Aloei  Saboe Kota Gorontalo yang awalnya berlokasi di Jalan Sultan Botutihe Nomor 7 Kelurahan Heledulaa Selatan Kecamatan Kota Timur telah berpindah alamat di Jalan Taman Pendidikan Kelurahan Wongkaditi Timur Kecamatan Kota Utara Kota Gorontalo dengan luas lahan 6,6 Ha.

        Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Walikota Gorontalo nomor 315 tanggal 25 Maret tahun 2002 RSUD Prof. Dr. H. Aloei Saboe merupakan bagian dari Organisasi Tata Kerja Pemerintah Kota Gorontalo yaitu Badan Pengelola Rumah Sakit Umum Prof. Dr. H. Aloei Saboe. Pada tanggal 29 Januari 2009 Rumah Sakit Prof. Dr. H. Aloei Saboe Kota Gorontalo ditetapkan sebagai Rumah Sakit kelas B Non Pendidikan berdasarkan SK MENKES nomor 084/MENKES/SK/I/2009.  Pada tahun yang sama status pengelolaan RSUD Prof. Dr. H. Aloei Saboe sejak bulan Desember 2009 telah ditetapkan sebagai penyelenggaraan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) melalui surat keputusan Walikota Gorontalo nomor 318 Tahun 2009 tanggal 30 Desember 2009.

RSUD Prof. Dr. H. Aloei menyelenggarakan pelayanan, pendidikan, dan penelitian secara terpadu dan telah memenuhi standar serta persyaratan sebagai Rumah Sakit Pendidikan. Hal ini dibuktikan dengan terbitnya Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor HK.01.07/Menkes/8/2023 tanggal 06 Januari 2023 yang menetapkan RSUD Prof. Dr. H. Aloei Saboe sebagai Rumah Sakit Pendidikan Utama untuk Fakultas Kedokteran Universitas Negeri Gorontalo.

Selang setahun RSUD Prof. Dr. H. Aloei ditetapkan sebagai  Rumah Sakit Jejaring Pengampuan Pelayanan Kanker, Jantung dan Pembuluh Darah, Stroke, Uronefrologi, dan Kesehatan Ibu dan Anak (KJSU-KIA) berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor HK.01.07/MENKES/1277/2024.